A list beginning with the most fancy (and more expensive) down to the cheap (and good!):

Los Danzantes

http://www.losdanzantes.com/web/restaurantes/oaxaca/
Macedonio Alcalá 403-4 (Andador Turístico)
Centro Historico

La Biznaga
Garcia Vigil #512

Zandunga
García Vigil esq. Jesús Carranza, Centro

Comala
Comala, Allende #109, Centro

Café Nuevo Mundo
M. Bravo 206 Centro

Café Brújula
García Vigil 409-D Centro

Tlayudería las Reliquias
402 Avenida Morelos, centro

Tlayudería Libres
Libres esquina Abasolo

Tlayudería El Chepil
 Constitución esquina Clazada de la República

Bar
Cafe Central
cafecentraloaxaca.blogspot.com
Hidalgo 302 Oaxaca

A link:
http://extramsg.com/travel/mexico-in-may-part-7-tlayudas-and-restaurants-in-oaxaca/